يلف الغموض مصير مداخيل وعائدات وكالة سجل السكان والوثائق المؤمنة التي تصل سنويا إلى أكثر مليارين يدفعها المواطنون مقابل البطاقات والأوراق الثبوتية التي توفرها المراكز التابعة للوكالة على امتداد التراب الوطني وفي النقاط الحدودية وبعض السفارات الموريتانية بالخارج.